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肌酸酐的测量是困难的。目前常用的方法有质谱法(同位素稀释质谱法)、高效液相色谱法(HPLC)、液相色谱-质谱法和抗体检测法(ELISA)。这些方法一般需要质谱仪、液相色谱仪或酶标阅读器等昂贵的仪器，以及经过系统培训的分析化学操作人员的操作，大大增加了肌酐测定的经济成本和时间成本，以及肌酸酐测定在偏远地区的应用。
通过质谱分析，将含有某种同位素(例如O-18)的肌酸酐人工添加到样品中，并通过质谱分析样品。通过比较质谱中O-18的丰度和自然界中O-18的丰度，可以计算出肌酸酐的浓度。可以严格控制人们添加的肌酸酐。作为一种内标定方法，该方法能有效地减小误差。
研究显示，质谱分析得到的肌酸酐浓度较低，会引起一系列临床问题，美国FDA也开始考虑新的肌酸酐检测方法。液相色谱以质谱为基础，利用高效液相色谱对样品进行净化，用质谱进行检测。质谱和液相色谱不能自动化，且操作复杂，分析团队需要操作和维护仪器。然而，ELISA需要使用价钱昂贵的酶标仪，尽管其灵敏度很高，但其选择性较差，经常会高估肌酸酐，的浓度，导致临床用药过量或不足。
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